El padrino 2 va y viene constantemente del pasado y el presente, contrastando la vida de Vito Corleone a principios del siglo XX, desde sus humildes comienzos hasta su ascenso al poder, con la de su hijo Michael Corleone en la segunda mitad del siglo XX, cuya influencia está disminuyendo. La película comienza con un flashback a 1901, donde la espantosa masacre de la familia Andolini en Corleone, Sicilia, está en marcha. Vito Andolini, de nueve años, se salva de la sangrienta venganza contra su familia promulgada por el jefe de la mafia local, Don Ciccio, gracias a las rápidas acciones de los leales criados del clan Andolini. Vito se dirige a Ellis Island en Nueva York, donde un oficial de migración lo registra como «Vito Corleone» después de encontrar el nombre «Andolini» demasiado difícil de pronunciar y deletrear.
Avance rápido hasta 1958: el actual Clan Corleone, Don Michael Corleone, está celebrando la fiesta de la Primera Comunión de su hijo en Lake Tahoe. En medio de esta feliz ocasión, está llevando a cabo una serie de reuniones como jefe de su familia del crimen organizado. Hay disidencia dentro de su organización; su caporegime, Frank Pentangeli, está decepcionado. Siente que Michael lo ha abandonado, al no poder defender su territorio de las incursiones de los hermanos Rosato, quienes trabajan para Hyman Roth, quien a su vez trabaja para Michael. Por la noche se lleva a cabo un intento de asesinato en el complejo de Corleone con Michael como objetivo previsto. Michael es capaz de escapar del atentado contra su vida y, para llegar al fondo del asesinato, vuela a Nevada para reunir sus fuerzas y hacer un trabajo de inteligencia.
La escena cambia rápidamente y se muestra una vez más un flashback, esta vez a un Vito Corleone adulto, que vivía en Nueva York en 1917 con su esposa Carmela y un Santino muy joven. Un estoico Vito Corleone acaba de perder su trabajo debido a la política de patrocinio del extorsionista local Don Fabrizio Fanucci; y en un extraño giro del destino, resulta ser testigo de un robo perpetrado por su posible ejecutor, Peter Clemenza, quien le pide que se mantenga callado sobre el crimen. Vito acepta, y cuando Celemenza ve que Vito es un hombre que puede mantener la boca cerrada con respecto a las aventuras delictivas, lo invita a participar en un robo.
Una vez más, la escena salta una vez más al «presente», donde Michael adivina que Roth es el autor intelectual del intento de asesinato. En lugar de enfrentarse a él, Michael continúa con sus aventuras con Roth, fingiendo que no sospecha nada. Lo hace para erradicar a todos los cómplices de la traición contra el clan Corleone. Como parte de su plan, envía a Pentangeli a hacer las paces con el clan Rosato para preservar la apariencia de ignorancia. Sin embargo, esto no sale según lo planeado, ya que intentan matarlo. Michael sigue fingiendo ignorancia y sigue con sus negocios como de costumbre; el grupo Corleone y sus socios, incluidos Hyman Roth y Michael, vuelan a La Habana, Cuba, para discutir la dirección de sus pronósticos comerciales bajo la complaciente administración de Fulgencio Batista. Michael, sin embargo, expresa su vacilación después de contemplar los efectos de la Revolución Cubana en curso.
En la víspera de Año Nuevo, Michael se mueve para eliminar a Roth y Johnny Ola, el segundo al mando de Roth. Roth sobrevive porque la policía cubana le disparó al aspirante a asesino, pensando que era un rebelde. Michael pronto descubre que el traidor que filtró información crítica a sus enemigos no era otro que Fredo, su hermano mayor. El grupo Corleone pone fin a sus negocios en Cuba por la renuncia de Batista por la presión de los rebeldes y la creciente inestabilidad del escenario político. Michael, Roth y Fredo aprovechan la confusión para escapar, individualmente, a Estados Unidos. Al regreso de Michael, recibió más malas noticias: su esposa Kay sufrió un aborto espontáneo.
Una vez más, la escena cambia a un flashback, nuevamente enfocándose en Vito Corleone, esta vez un poco mayor con dos niños más a cuestas, Fredo y Michael. Las actividades ilegales de Vito han llamado la atención de Don Fanucci, el mafioso local de poca monta que maneja las redes de protecciones en el vecindario. Propone tomar una parte de las ganancias de Vito de sus aventuras criminales a cambio de su seguridad. Clemenza y Salvatore Tessio, Los socios de Vito en el crimen, sugieren que paguen en su totalidad para evitar ganarse la ira de Fanucci. Vito se niega, insistiendo en que puede persuadir a Fanucci para que se haga un tributo menor haciéndolo ”.una oferta que no puede rechazar. » Visita a Fanucci mostrando deferencia y bravuconería a partes iguales, engañándolo con éxito haciéndole creer que es un hombre dócil que le teme, adormeciendo a Fanucci en una falsa sensación de seguridad. Posteriormente, durante la fiesta del barrio, Vito lo sigue hasta su apartamento donde le dispara utilizando el sonido de los fuegos artificiales para disimular el crimen.
La película avanza nuevamente hacia la escena de la sala de un tribunal donde un comité del Senado está investigando a la familia Corleone por supuestas implicaciones en el crimen organizado. Pentangeli cree que Michael lo ha traicionado debido al fallido intento de asesinato de su vida. Acepta testificar contra Michael a cambio de ser incluido en el programa de protección de testigos. Mientras tanto, Fredo regresa a Nevada, buscando una audiencia privada con Michael en un intento de limpiar su nombre y salvarle la vida. Explica que estaba indignado por haber sido evitado por Michael para el liderazgo del clan y, por lo tanto, accedió a ayudar a Roth a organizar un golpe, sin saber que esto implicaba un complot para matar a su hermano. Después de que Fredo confiesa, Michael lo repudia de inmediato.
Tratando de protegerse de la investigación, Michael recurre a otro método para sacudir a Pentangeli, quien ahora es virtualmente intocable debido al programa federal de protección de testigos. Pide a sus hombres que lleven al hermano de Pentangeli a los procedimientos judiciales, y está claro que, aunque el propio Pentangeli está a salvo, Michael se aseguraría de que todo su clan fuera aniquilado si no se retractaba. Pentangeli niega todas sus declaraciones anteriores y estalla un motín en la sala del tribunal. Justo cuando parece que las cosas están saliendo favorablemente para Michael, Kay decide revelar la verdad sobre el supuesto aborto espontáneo. En realidad, fue un aborto, y para echar más leña al fuego tenía la intención de huir con sus hijos a cuestas, razonando que no quería que participaran en el imperio criminal del clan. Un Michael Corleone ahora lívido luego destierra a Kay y toma la custodia exclusiva de sus hijos.
La escena luego vuelve a otro flashback: aquí vemos a Vito Corleone visitando Sicilia, la primera vez desde su apresurada partida hace muchos, muchos años. Visita el complejo de Don Ciccio con su socio comercial Tommasino con el pretexto de presentarle sus respetos para buscar su bendición para establecer su negocio de importación y exportación de aceite de oliva. Sin embargo, Vito está allí para vengarse del viejo Don por acabar con su clan. Se acerca al anciano Don Ciccio para darle personalmente un regalo: un litro de su mejor aceite de oliva. Cuando el viejo Don le pregunta quién es, se presenta como «Vito Andolini». Luego procede a apuñalar a Don Ciccio con un cuchillo oculto, arrastrando la hoja a través de su abdomen lentamente, asegurándose de que el Don muera lenta y dolorosamente. Se las arreglan para escapar, pero Tommasino resulta herido en la pierna, lo que le hace cojear por el resto de su vida.
Avanza en el tiempo hasta llegar a la familia Corleone en un funeral. Carmela Corleone, la matriarca del clan, ha muerto. Por respeto a su madre, Michael se había negado a tomar represalias contra Fredo. Ahora que Mamma Corleone ha fallecido, Fredo finalmente debe pagar por su traición, y Al Neri, el caporegime de Corleone, tiene la tarea de matar a Fredo en el lago. Se corre la voz de que Fredo ha sido eliminado y los golpistas de Corleone se apresuran a escapar: a Roth se le niega la entrada a Israel y debe regresar a los Estados Unidos; Finalmente, el ejecutor de Corleone, Rocco Lampone, le dispara, quien a su vez es disparado por agentes federales poco después. Pentangeli recibe la visita de Tom Hagen, el consigliere del clan Corleone, en el refugio de protección de testigos. Amenaza indirectamente a la familia de Pentangeli recordándole que los antiguos conspiradores romanos que fracasaron en sus intentos de golpe se suicidaron. Pentangeli acepta a cambio de la promesa de la seguridad y el cuidado de su familia en su ausencia. Hagen está de acuerdo, y Pentangeli se corta las muñecas en la bañera más tarde.
La película termina con una yuxtaposición final de escenas. Flashback a 1941: es el cumpleaños de Don Vito, y los miembros de su familia se han reunido para sorprender al patriarca del clan, pero su hijo menor, Michael, tiene una sorpresa aún mayor reservada para la familia: se alista en el Cuerpo de Marines de los EE. UU. Para luchar. en los esfuerzos de la Guerra del Pacífico, y decide hacer ese anuncio hoy. Santino responde con su habitual fuego y azufre, Tom duda por completo de lo que escucha y Fredo es la única voz de apoyo en la cacofonía. Mientras discuten por el anuncio, escuchan la llegada de Don Vito. Todos se van a saludar al Don, a excepción de Michael, que se sienta solo y contempla cómo darle la noticia a su padre. La película termina con el último salto hacia un Michael Corleone mucho mayor, esta vez sentado solo junto al lago artificial en el Corleone Compound.
