Como todas las novelas de Jane Austen, Emma es una novela de cortejo y modales sociales. La mayor parte del libro se centra en la cuestión del matrimonio: ¿quién se casará con quién y por qué razones se casarán: amor, practicidad o necesidad?
En el centro de la narración está el personaje principal, Emma Woodhouse, una heredera que vive con su padre viudo en su finca, Hartfield. Emma, conocida por su belleza e inteligencia, está un poco perdida en el pequeño pueblo de Highbury, pero se enorgullece mucho de sus habilidades de emparejamiento. Única entre otras mujeres de su edad, no tiene ninguna necesidad particular de casarse: se encuentra en la situación única de no necesitar un marido que le suministre fortuna.
Al comienzo de la novela, la institutriz de Emma, la señorita Taylor, acaba de casarse con el señor Weston, una madre adinerada que es dueña de Randalls, una finca cercana. Sin la señorita Taylor como compañera, Emma se siente repentinamente sola y decide adoptar a la huérfana Harriet Smith como protegida.
Harriet vive en un internado cercano y no sabe nada de sus padres. Emma llega a la conclusión de que el padre de Harriet debe haber sido un caballero y aconseja a la inocente Harriet en prácticamente todas las cosas, incluida su elección de sociedad. Ella sugiere que Harriet no pasa más tiempo con los Martin, una familia local de granjeros cuyo hijo, Robert, le ha prestado mucha atención a Harriet. En cambio, Emma planea hacer de casamentera para Harriet y el Sr. Elton, el vicario de la iglesia en Highbury.
La amistad entre Emma y Harriet les hace poco bien a ninguno de los dos, un hecho que el señor Knightley, un vecino y viejo amigo, se da cuenta de inmediato. Harriet se entrega a las peores cualidades de Emma, dándole la oportunidad de entrometerse y sirviendo solo para halagarla. Emma, a su vez, llena a Harriet Smith de grandes pretensiones que no se ajustan a su baja situación en la sociedad. Cuando Robert Martin le propone matrimonio a Harriet, ella lo rechaza basándose en el consejo de Emma, pensando que es demasiado común. El Sr. Knightley critica el emparejamiento de Emma porque considera que Robert Martin es superior a Harriet; si bien él es respetable, ella es de origen incierto. La hermana de Emma, Isabella, y su esposo, el Sr. John Knightley, visitan Highbury, y Emma usa su visita como una oportunidad para reconciliarse con el Sr. Knightley después de su discusión sobre Harriet. Sin embargo, todavía cree que Elton es un prospecto mucho más adecuado que Robert Martin.
Al principio, Emma parece tener cierto éxito en sus intentos de unir a Harriet y al Sr. Elton. Los tres pasan mucho tiempo libre juntos y él parece receptivo a todas las sugerencias de Emma. Sin embargo, cuando Harriet no puede asistir a la fiesta de los Weston en Nochebuena, el Sr. Elton centra toda su atención únicamente en Emma. Cuando viajan a casa en carruaje desde la fiesta, el Sr. Elton profesa su adoración por Emma y descarta la idea de que alguna vez se casará con Harriet Smith. El Sr. Elton tiene la intención de ascender en la sociedad y está interesado en Emma principalmente por su estatus social y riqueza. Emma rápidamente rechaza al Sr. Elton, quien está muy ofendido y rápidamente deja Highbury para quedarse en Bath.
Emma está sorprendida por su pobre juicio de la situación y su creencia de que el Sr. Elton sería una buena pareja para Harriet. Se da cuenta de que el señor Knightley puede haber tenido razón en algunos de sus consejos, pero todavía no está convencida de que Harriet deba degradarse asociándose con Robert Martin. Después de la partida del Sr. Elton, Emma se ve obligada a darle la noticia a una Harriet con el corazón roto.
El pueblo de Highbury espera con impaciencia la visita de Frank Churchill, el hijo del Sr. Weston de su primer matrimonio. Después de la muerte de su esposa, el Sr. Weston envió al niño para que lo criara la familia de su esposa, reconociendo que no tenía suficiente riqueza para mantener al niño. Se cree que Frank es una pareja ideal para Emma y, sin haberlo conocido, Emma está de acuerdo en que su edad y su crianza lo convierten en un buen pretendiente para ella.
Otro personaje que ocupa los pensamientos de Emma es Jane Fairfax, nieta de la señora Bates, viuda empobrecida del ex vicario y sobrina de la señorita Bates, una solterona charlatana que vive con su madre. Jane es igual a Emma en todos los aspectos (belleza, educación, talentos) excepto en el estatus y provoca algunos celos en Emma. Jane pronto visitará Highbury porque la familia adinerada que la crió después de la muerte de sus padres se ha ido de vacaciones.
Mientras tanto, el Sr. Elton regresa de Bath con la noticia de que está comprometido con la señorita Augusta Hawkins. Esta noticia, junto con una incómoda reunión con los Martin, avergüenza enormemente a la pobre Harriet.
Frank Churchill finalmente visita a los Weston, y Emma se complace en descubrir que él está a la altura de sus expectativas. Emma y Frank comienzan a pasar tiempo juntos, pero ella se da cuenta de que él parece algo insustancial e inmaduro. Hace un viaje de un día a Londres con el único motivo de cortarse el pelo, un acto que incluso Emma reconoce que es superficial. Mientras Frank y Emma continúan pasando más tiempo en compañía del otro, el Sr. Knightley se pone algo celoso. Desaprueba a Frank, convencido de que no se puede confiar en él, especialmente con el corazón de Emma. Emma, a su vez, se pone celosa al sospechar que el señor Knightley podría estar enamorado de Jane Fairfax.
La amistad de Emma con Frank Churchill se ve reforzada por su desdén aparentemente compartido por Jane Fairfax. Frank confirma las sospechas de Emma de que Jane podría estar involucrada con el Sr. Dixon, un hombre casado, aunque esto es solo un chisme ocioso. Poco después, Jane Fairfax recibe un piano de Londres, y Emma y Frank concluyen que se lo envió el Sr. Dixon.
Frank Churchill debe dejar Highbury abruptamente cuando se entera de que su tía no se encuentra bien. Es una mujer insufrible, orgullosa y vanidosa, y ejerce una gran autoridad sobre su sobrino. Pensando que Frank está listo para procesar su amor por ella, Emma se convence a sí misma de que está enamorada de él, pero no sabe cómo saber si sus sentimientos son sinceros. Finalmente, se da cuenta de que no debe estar enamorada de él porque está tan feliz con él ausente como con él presente.
El Sr. Elton trae a su nueva esposa a Highbury. Ella es una insulsa que cuenta los nombres, lo compara todo con el estilo de vida supuestamente grandioso de sus parientes y se dirige a sus nuevos compañeros en Highbury con una sorprendente falta de formalidad. Emma siente una aversión instantánea por ella, y al darse cuenta de esto, la Sra. Elton siente aversión por Emma.
Cuando Frank Churchill regresa, él y Emma patrocinan un baile en el Crown Inn. Generalmente se asume que Frank y Emma han formado un vínculo, pero Emma ya dejó de imaginar a Frank como su propio pretendiente y lo percibió como un amante potencial para Harriet. Durante el baile, el Sr. Elton aprovecha la oportunidad para humillar a Harriet, despreciándola abiertamente frente a los demás invitados. El señor Knightley socava este desaire social bailando graciosamente con Harriet en lugar del señor Elton.
Al día siguiente, mientras caminaba a casa, Harriet es atacada por un grupo de mendigos gitanos, pero Frank Churchill la salva. Su valiente rescate se convierte en la comidilla de Highbury y lleva a Emma a confirmar su creencia de que sería una pareja adecuada para Harriet. Mientras habla del evento, Harriet admite que siente algo por el hombre que la salvó, aunque no menciona explícitamente a Frank Churchill. Gracias a este nuevo enamoramiento, Harriet finalmente ha superado su angustia por el Sr. Elton.
Knightley comienza a sospechar que Frank Churchill tiene una relación secreta con Jane Fairfax, pero Emma se ríe de él y continúa coqueteando con Frank Churchill. En una excursión en Box Hill, la mala influencia de Frank Churchill sobre Emma llega a un punto crítico, y Emma insulta a la señorita Bates en su cara. Posteriormente, el Sr. Knightley regaña severamente a Emma por su comportamiento. Cuando Emma visita a la señorita Bates para disculparse, descubre cuánto ha dañado su insulto su relación con la familia.
Después de la muerte de su tía, Frank de repente es libre de revelar que ha estado comprometido en secreto con Jane Fairfax. El compromiso tenía que permanecer en secreto debido a la desaprobación de su tía y la amenaza de repudiarlo si hacía una mala pareja. El comportamiento coqueto de Frank Churchill hacia Emma se revela como nada más que una artimaña destinada a desviar la atención de sus sentimientos por Jane. Cuando Emma intenta dar la mala noticia del compromiso de Frank Churchill con Harriet, Emma descubre que Harriet está realmente enamorada del Sr. Knightley, quien la “rescató” en el baile de Crown Inn. Con la revelación de Harriet, Emma se da cuenta de que está enamorada del señor Knightley. Emma concluye que no solo ha puesto a su amiga en la posición de otra angustia, sino que le ha hecho un gran daño a Harriet al hacerle pensar que podría aspirar a tales alturas de la sociedad.
El Sr. Knightley pronto profesa su amor por Emma y planean casarse. Sin embargo, hay dos obstáculos: primero, si Emma se casara, tendría que dejar a su padre, que no podría soportar la separación; en segundo lugar, debía darle la noticia a Harriet. El Sr. Knightley decide mudarse a Hartfield después de su matrimonio para disipar los temores del Sr. Woodhouse de quedarse solo. Harriet se toma bien las noticias sobre el Sr. Knightley y poco después se reúne con Robert Martin. La novela concluye con tres matrimonios: Robert Martin y Harriet, Frank Churchill y Jane Fairfax y, finalmente, el Sr. Knightley y Emma.
