Gilgamesh es el Sacerdote-Rey de la ciudad de Uruk. Es un rey tiránico que trabaja a muerte con su pueblo y les quita lo que quiere. Mata a los jóvenes a voluntad y usa a las mujeres como le place. La gente de Uruk pide ayuda a los dioses para que puedan tener paz.
Los dioses los escuchan e instruyen a Anu, la diosa de la creación, para que haga un gemelo para Gilgamesh, alguien que sea lo suficientemente fuerte como para enfrentarse a él y que finalmente lo salvará. Anu hace a Enkidu, un salvaje peludo que vive en el desierto con los animales.
Un día, un cazador ve a Enkidu junto a un pozo de agua y se asusta. Le cuenta a su padre del hombre salvaje que vio. Su padre le dice al trampero que vaya a ver a Gilgamesh. Le dice a su hijo que le pida al rey que le lleve una prostituta del templo para seducir a Enkidu. El trampero regresa con Shamhat, una prostituta del templo de Ishtar, la diosa del amor y la guerra. Esperan a que Enkidu reaparezca junto al abrevadero.
Enkidu regresa y Shamhat se le revela. Copulan durante seis días y siete noches. Cuando Enkidu está satisfecho, descubre que los animales ya no lo aceptan. Shamhat le dice que regrese con ella a Uruk. Al enterarse de Gilgamesh, Enkidu decide que desea conocerlo. Los dos partieron hacia Uruk, haciendo una parada en un campamento de pastores. Allí, Enkidu se entera de que Gilgamesh dormirá con una novia recién casada en su noche de bodas, antes de que su marido se acueste con ella. Está indignado y decide que debe detener a Gilgamesh. Mientras tanto, Gilgamesh tiene varios sueños prediciendo la llegada de Enkidu.
Los dos se encuentran en las calles de Uruk y estalla una gran pelea entre ellos. Gilgamesh triunfa pero su encuentro con Enkidu lo cambia. Se vuelven compañeros. Enkidu le cuenta a Gilgamesh sobre Humbaba, un terrible monstruo que guarda el Bosque de los Cedros. Gilgamesh decide que los dos deben viajar allí y derrotar al monstruo.
Hacen los preparativos y se dirigen al bosque de cedros. Se encuentran con Humbaba y con la ayuda de Shamash, el dios del sol, lo derrotan. Regresan a Uruk llevando su cabeza. Después de una celebración, Gilgamesh se baña y llama la atención de Ishtar. Ella le dice que se convierta en su amante, prometiéndole grandes riquezas y recompensas a cambio. Gilgamesh rechaza a Ishtar, diciéndole que es consciente de su reputación como amante desdeñosa.
Ishtar está indignada y convence a su padre, Anu, de que libere al Toro del Cielo para castigar a Gilgamesh. El Toro del Cielo desciende sobre Uruk y mata a cientos de hombres. Enkidu agarra al animal y Gilgamesh lo mata con una espada. Ishtar aparece y amenaza a los héroes. Enkidu arranca una de las ancas del Toro y se la arroja a Ishtar. Más tarde esa noche, Enkidu tiene un sueño en el que los dioses se están reuniendo en consejo.
El sueño se hace realidad. Los dioses deciden que uno de los héroes debe morir por su comportamiento. Eligen Enkidu. Enkidu enferma y sufre durante doce días antes de morir finalmente. Gilgamesh está destrozado. Está de luto durante días y se rasga el pelo y la ropa. Adorna pieles de animales sucias y viaja por el bosque y las montañas. Ha sido testigo de la muerte y ahora está aterrorizado por su propia mortalidad. Busca escapar de ella.
Gilgamesh decide buscar a Utnapishtim, a quien los dioses le otorgaron la inmortalidad. Viaja al monte Mashu, una montaña de dos picos que marca la entrada a un mundo en el que los mortales no pueden aventurarse. Convence a los guardias de la montaña, dos seres hombre Escorpión, para que le permitan entrar en un largo pasaje bajo la montaña. Soporta esta terrible oscuridad durante un día completo.
Cuando emerge del otro lado, se encuentra en un maravilloso paraíso. Ve una taberna junto al mar y se acerca a ella, asustando a su dueño, Siduri, con su apariencia. Siduri le permite entrar a la taberna después de que explica su historia y su intención de encontrar a Utnapishtim. Siduri le cuenta a Gilgamesh sobre Urshanabi, el barquero, que puede llevar a Gilgamesh a través de las Aguas de la Muerte hasta donde reside Utnapishtim.
Gilgamesh encuentra a Urshanabi y los dos parten para encontrar a Utnapishtim. Llegan a una orilla y Gilgamesh se encuentra con un anciano. Gilgamesh explica que desea alcanzar la inmortalidad. El anciano es Utnapishtim, quien le dice a Gilgamesh que la inmortalidad es solo para los dioses. Los mortales deben aprender a aceptar la muerte. Le cuenta a Gilgamesh la historia de cómo los dioses le concedieron la inmortalidad. Le pregunta a Gilgamesh qué ha hecho para merecer este mismo regalo.
Gilgamesh finalmente se va con Urshanabi para regresar a Uruk. Utnapishtim le cuenta a Gilgamesh de una planta mágica en el fondo del mar que puede restaurar la juventud. Gilgamesh desciende a las aguas y recupera la planta.
En su camino de regreso a Uruk, Gilgamesh se detiene para bañarse en un manantial, dejando la planta junto al agua. Aparece una serpiente y roba la planta, dejando a Gilgamesh llorando a la orilla del agua. Regresa a Uruk con Urshanabi. Al ver la gran ciudad, Gilgamesh entiende que es su legado, y que si gobierna bien, será su mayor legado. Gilgamesh llega a comprender que lo más importante en la vida es haber vivido y amado bien.