La Flor Púrpura tiene lugar en Enugu, una ciudad de la Nigeria poscolonial, y está narrada por el personaje principal, Kambili Achike. Kambili vive con su hermano mayor Jaja (Chukwuku Achike), un adolescente que, como su hermana, sobresale en la escuela, pero es reservado y hosco.
El padre de Kambili, Papa (Eugene Achike) es un estricto autoritario cuya estricta adhesión al catolicismo eclipsa su amor paterno. Castiga a su esposa, Mama (Beatrice Achike), y a sus hijos cuando no cumplen con sus estándares imposiblemente altos.
La novela comienza el Domingo de Ramos. Jaja se ha negado a ir a la iglesia y recibir la comunión. Como Jaja no tiene una excusa razonable para faltar a la iglesia, papá le lanza su misal a su hijo. El libro golpea un estante que contiene las amadas figuras de su esposa. Este acto desafiante y la violencia resultante marcan el comienzo del fin de la familia Achike. Kambili luego explica los eventos previos al Domingo de Ramos, detallando las semillas de rebelión que sembraron en la mente de los niños por su liberal Tía Ifeoma, la hermana de papá.
Papá es una figura prominente en Enugu. Es propietario de varias fábricas y publica el periódico en favor de la democracia The Standard. Es elogiado por su sacerdote, el padre Benedict, y su editor, Ade Coker, por sus muchas buenas obras. Papa dona generosamente a su parroquia y a las escuelas de sus hijos. Su periódico publica artículos que critican la desenfrenada corrupción gubernamental. Dado que el Standard dice la verdad, el Estado Mayor está bajo constante presión por parte del Jefe de Estado, el líder militar que asume la presidencia tras un golpe de Estado. Cuando arrestan a Ade Coker, la valentía y la posición de Papa en la comunidad ayudan a liberarlo.
Kambili es un niño tranquilo. Cuando intenta hablar, a menudo tartamudea o tiene un ataque de tos. La rígida vida que le da forma a su padre la deja muda. Cada día, sigue un horario en el que solo tiene tiempo para estudiar, comer, dormir, orar y sentarse con su familia. Kambili es una buena estudiante, llegando a la cima de su clase. Las chicas de la escuela asumen que es una snob porque no socializa y siempre corre directamente al coche de su padre después de clase. Cuando Kambili ocupa el segundo lugar en el trimestre, papá le dice que debe sobresalir porque Dios espera más de ella. Kambili no es un snob; está motivada por el miedo, incapaz de crear su propia identidad.
En Navidad, la familia regresa al pueblo ancestral de Papa, Abba. La familia supervisa una fiesta que alimenta a toda la umunna, la familia extensa. Papa también es célebre por su generosidad en Abba. Sin embargo, no permite que sus hijos visiten a su propio padre, Papa-Nnukwu, durante más de quince minutos cada Navidad. Papá llama a su padre «pagano» porque todavía sigue las tradiciones religiosas de su pueblo, los igbo. Cuando la tía Ifeoma viene de visita desde su ciudad universitaria de Nsukka, discute con papá sobre el maltrato que le ha dado a su padre. Pero papá es firme. Solo reconocerá y apoyará a su padre si se convierte. La tía Ifeoma invita a Kambili y Jaja a visitarlos para que puedan ir en peregrinación a Aokpe, lugar de una aparición milagrosa de la Virgen María. Papá acepta a regañadientes.
Nsukka es un mundo diferente. La Universidad está acosada por escasez de combustible, paros salariales, huelgas en clínicas médicas, apagones y aumento de los precios de los alimentos. La tía viuda Ifeoma cría con éxito a sus tres hijos, Amaka, Obiora y Chima, con lo poco que tiene. Pero su familia es feliz. A diferencia de papá, la tía Ifeoma anima a sus hijos a cuestionar la autoridad, criándolos con fe pero también con curiosidad intelectual. Amaka y Kambili son chicas muy diferentes. Amaka, como las compañeras de clase de Kambili, asume que su prima es una esnob privilegiada ya que no sabe cómo contribuir en las tareas del hogar. Kambili se retira al silencio incluso en Nsukka. Jaja, en cambio, florece. Sigue el ejemplo de su prima menor Obiora, inventando su propio rito de iniciación para ayudar a su familia, cuidar un jardín y matar un pollo. Kambili comienza a abrirse cuando conoce al padre Amadi. Sacerdote nacido en Nigeria, el padre Amadi es amable y solidario. Anima a Kambili a decir lo que piensa. A través del padre Amadi, Kambili aprende que es posible pensar por uno mismo y, sin embargo, ser devoto. Incluso comienza a hablar por encima de un susurro con Amaka, y se vuelven más cercanos.
Kambili y Jaja aprenden a ser más tolerantes en Nsukka. Cuando se enferma, la tía Ifeoma lleva a Papa-Nnukwu a su piso. Kambili y Jaja deciden no decirle a papá que comparten una casa con un «pagano». Kambili es testigo del ritual matutino de inocencia de su abuelo, donde ofrece gracias a sus dioses y proclama sus buenas obras. Ella ve la belleza en este ritual y comienza a comprender que la diferencia entre ella y Papa-Nnukwu no es tan grande. Cuando su padre se entera de que Kambili y Jaja han pasado tiempo con su abuelo, los lleva a casa. Amaka le da una pintura de Papa-Nnukwu para llevársela a Enugu. Papá castiga a sus hijos vertiéndoles agua caliente en los pies por «caminar hacia el pecado».
La presión aumenta sobre papá. Los soldados arrestan a Ade Coker nuevamente y lo torturan, y allanan las oficinas del Standard y cierran sus fábricas por violaciones al código de salud. Poco después, el gobierno asesina a Ade Coker. Las tensiones también aumentan en el hogar. Kambili y Jaja se consuelan con la pintura de Papa-Nnukwu. Papá los atrapa, sin embargo, y golpea a Kambili con tanta fuerza que ella termina en estado crítico en el hospital. Cuando está lo suficientemente bien como para ser liberada, va a Nsukka en lugar de a casa. Su enamoramiento por el padre Amadi se intensifica y comienza a salir más de su caparazón, aprendiendo a reír y a unirse a las canciones igbo. Pero la tía Ifeoma es despedida de la Universidad y decide ir a Estados Unidos para enseñar. Kambili está anonadado. No está segura de qué hará sin el refugio que le brindaron su tía y sus primos. Amaka tampoco quiere ir a Estados Unidos porque sus raíces están en Nigeria.
Mamá llega a Nsukka y sale cojeando de un taxi. Papá la golpeó de nuevo, provocando otro aborto espontáneo. Aunque tanto Kambili como Jaja han visto que esto sucedió antes, esta vez es diferente. La tía Ifeoma la insta a que no regrese a Enugu. Pero se lleva a sus hijos con ella. La semana siguiente es Domingo de Ramos, cuando Jaja se niega a ir a la iglesia. En la semana entre el Domingo de Ramos y Pascua, Jaja se vuelve cada vez más desafiante. Finalmente exige que él y Kambili pasen la Pascua con sus primos. Debilitado por lo que los niños creen que es el estrés, les permite ir a Nsukka. Unos días después, mamá llama. Papá ha muerto. Cuando mamá dejó Nsukka, comenzó a envenenar el té de su marido. Jaja asume la culpa del crimen y va a la cárcel.
El capítulo final del libro tiene lugar casi tres años después. Kambili y Mama visitan a un endurecido Jaja en prisión. Ha enfrentado severos castigos y condiciones miserables a lo largo de su mandato. Sin embargo, ahora que el liderazgo en Nigeria está cambiando nuevamente, sus abogados confían en que Jaja será liberado. Aunque Jaja ha aprendido a no esperar un resultado favorable, Kambili está encantado. Sueña que llevará a Jaja a América para visitar a la tía Ifeoma, juntos plantarán naranjos en Abba y los hibiscos púrpuras volverán a florecer.