Mary Lennox es la protagonista de la historia. Mary sufre una gran transformación a lo largo del curso de la novela. Al principio, se la describe como una niña amarga y grosera que ha estado acostumbrada a ser atendida sin cesar por sus sirvientes en la India. La muerte repentina de sus padres y de su principal sirviente, Ayah, cataliza la mayor transición de su vida hasta el momento: un traslado entre continentes a la mansión de su tío en Yorkshire, Inglaterra. Aquí, Mary descubre rápidamente que su comportamiento malcriado no volará en este nuevo entorno.
Lentamente vemos a María madurar a medida que acepta el egoísmo y el aislamiento que han caracterizado su vida temprana. Ella comienza a abrir su corazón a nuevas amistades con los muchos personajes, humanos y animales por igual, que pueblan la finca de su tío. Su descubrimiento del jardín secreto marca el punto en el que Mary realmente comienza a sentirse alegre y entusiasmada por la vida. Mientras que en la India pasaba todo su tiempo en interiores, Mary se ha convertido en una amante y cuidadora de la naturaleza, ansiosa por devolver la vitalidad al jardín abandonado. Al mismo tiempo, conoce a su primo Colin y lo anima a curarse y recuperar su optimismo, reconociendo en el chico su anterior complacencia hacia la vida. De esta manera, el resurgimiento de la familia Craven corre paralelo al desarrollo de Mary hasta convertirse en una joven sabia y compasiva.
Colin es el hijo del rico y solitario Archibald Craven. La madre de Colin murió cuando él era un bebé y, por lo tanto, su padre evita en su mayor parte al niño, ya que su presencia le resulta demasiado dolorosa como un recordatorio de su difunta esposa. Durante toda su vida, los sirvientes que lo cuidan le han hecho creer a Colin que está muy enfermo y lisiado. A lo largo del libro, sin embargo, el lector se da cuenta de que esta enfermedad es menos una condición física que un malestar psicológico que nace de la sensación de ser no deseado y amado.
A los 10 años, Colin ya está anticipando la muerte, ya que las enfermeras y los médicos que lo rodean le han dicho que su salud está en declive. Con esta actitud derrotista, Colin constantemente se porta mal y hace berrinches, lo que le valió la reputación de ser terriblemente mal portado por el personal de la mansión. No es hasta que Mary lo encuentra que Colin finalmente se siente comprendido y visto como el niño inocente que es, en lugar de como un paciente enfermo. Con la ayuda de Mary y Dickon, Colin deja atrás su rutina conocida para explorar los jardines y experimentar el mundo natural. Este cambio despierta en él un nuevo entusiasmo por la vida y, al final de la novela, todos sus síntomas y dolencias desaparecen, lo que subraya el poder de la fe para determinar la salud.
Dickon es el hermano menor de Martha, el principal sirviente de Mary en la finca de su tío. Mary inmediatamente toma un gran gusto por Dickon, ya que representa todo lo contrario de su vida anterior en la India. Es un granjero con los pies en la tierra que tiene un temperamento naturalmente feliz y una capacidad fuerte, casi mágica, para conectarse con la naturaleza. Se le representa a lo largo de la novela acompañado de varios animales de compañía, que lo siguen como si fuera uno de ellos. Dickon habla con un marcado acento de Yorkshire que Mary intenta copiar, admirando sus formas poéticas y sin pretensiones de expresarse. La conexión aparentemente sin esfuerzo de Dickon con la naturaleza se pone en práctica cuando lidera el esfuerzo por devolver la vida al jardín secreto.
El corazón cálido y generoso de Dickon es clave para ayudar a Mary a abrirse y apreciar la belleza de la vida. También se muestra como un niño muy compasivo en su amabilidad hacia Colin en su momento más bajo.
Archibald Craven es el tío de Mary y el amo de Misselthwaithe Manor. Ha llorado constantemente a su esposa desde su trágica muerte 10 años antes, convirtiéndose en un recluso y evitando cualquier cosa que le recuerde a ella, incluido el jardín secreto donde murió y su propio hijo, Colin. La miseria de Craven se subraya en la novela como un ejemplo de cómo el dolor impide que las personas crezcan y experimenten la vida al máximo. Al final de la historia, Archibald tiene una especie de epifanía mientras está en la orilla de un río austriaco, lo que lo lleva a darse cuenta de que debe reavivar su voluntad de vivir y honrar la memoria de su esposa reconociendo esas cosas que ella apreciaba. Con esto, reconoce que debe ser un mejor padre para Colin y, por lo tanto, regresa a su finca con la intención de comenzar una nueva vida.
Lilias Craven era la esposa de Archibald Craven, el tío de Mary. Aunque murió 10 años antes, es un personaje importante en la historia. Es a través de su repentina muerte en el jardín lo que ha hecho que Craven se convierta en lo que parece un dolor insuperable y se cierre al mundo. El jardín secreto titular era el lugar favorito de la Sra. Craven y se nos dice que es una gran amante de la naturaleza y la belleza. También se nos cuenta cómo la Sra. Craven se parece mucho a su hijo Colin, razón por la cual su padre lo descuida. A medida que Colin comienza a curarse de su enfermedad, se reconecta con la memoria de su madre y llega a adaptar su característico amor por la vida.
Ben Weatherstaff es jardinero en Misselthwaithe Manor. Es una de las primeras personas con las que Mary se hace amiga cuando llega a la mansión. Aunque a menudo tiene un exterior brusco, Ben finalmente se siente atraído por Mary y encuentran puntos en común en su desagrado mutuo y su deseo de aislarse. Ben Weatherstaff siente lealtad hacia la Sra. Craven y secretamente ha estado cuidando su jardín desde que falleció. Ben finalmente se une a Mary, Dickon y Colin en su esfuerzo por revivir el jardín y está encantado de ver a Colin recuperar su salud.
Susan Sowerby es la madre de Martha y Dickon. Aunque en su mayoría es un personaje periférico, se nos muestra a través de la Sra. Sowerby un ejemplo de una figura materna fuerte, lo que finalmente lleva a Colin Craven a considerar su relación con su propia madre. Susan Sowerby, madre de 12 hijos, es descrita como muy generosa y cálida, al igual que su hijo Dickon. Aunque aparentemente es una campesina común, juega un papel importante en la trama, aconsejando al Sr. Craven que deje que Mary sea independiente, proporcionando comidas adicionales para Mary y Colin e influyendo en el eventual reencuentro entre el Sr. Craven y su hijo.
Martha Sowerby es una joven que trabaja en Misselthwaithe Manor como la principal sirvienta de Mary. Martha se contrasta con la niñera anterior de Mary, Ayah, en el sentido de que no mima ni satisface todas las peticiones de Mary. Su honestidad bondadosa pero contundente ayuda a Mary a transformarse en una niña más humilde y alegre. Martha también es responsable de presentarle a Mary a su hermano Dickon, quien juega un papel importante en la historia.
La Sra. Medlock es ama de llaves y sirvienta en Misselthwaithe Manor. Ella sirve principalmente al Sr. Craven, pero también es quien inicialmente trae a Mary a la finca. La Sra. Medlock está algo intimidada por su empleador y, por lo tanto, hace todo lo que está en su poder para asegurarse de que Mary siga sus reglas.
El Dr. Craven es primo de Archibald Craven y es el médico de Colin Craven. Se muestra que el Dr. Craven no siempre tiene la mayor integridad al tratar de ayudar a Colin a sanar, priorizando sus propias preocupaciones de heredar la herencia de Archibald sobre ayudar al niño a recuperarse de la enfermedad. Sin embargo, al final de la historia, el Dr. Craven parece realmente complacido de ver a Colin superar su enfermedad.
Los Lennox son los padres de Mary. No averiguamos mucho sobre ellos, además de que son muy ricos y en su mayoría han dejado a su hija para que la críe su niñera. Su repentina muerte por cólera es lo que impulsa a Mary a mudarse a la mansión de su tío.
Ayah es la principal sirvienta de María en la India. Durante toda la vida de Mary, Ayah ha hecho todo por ella y ha actuado de una manera muy dócil. Ella muere de cólera junto a los padres de Mary al comienzo de la historia.