La novela El ferrocarril subterráneo comienza con la historia de Ajarry, una joven que es capturada por traficantes de esclavos en el continente africano y vendida en América. Separada de su familia y reducida a su valor en el bloque de subastas, Ajarry termina en el estado sureño de Georgia en la plantación de tabaco Randall. Toma varios maridos y da a luz a un puñado de hijos, pero ninguno sobrevive excepto uno llamado Mabel. El único acto de liberación de Ajarry en Randall es comenzar un huerto en un pequeño terreno entre cabañas de esclavos que heredarán su hija Mabel y, finalmente, su nieta Cora. Ajarry muere esclavo de un aneurisma mientras recoge algodón.
La trama comienza con Cora, la nieta de Ajarry. Cuando Cora aún es una niña, Mabel escapa de Randall sin su hija, que es relegada a Hob, la cabaña de los esclavos marginados. Sola en la plantación, Cora demuestra su independencia y determinación al proteger el legado de Ajarry, la huerta, de las intrusiones de otro esclavo, Blake, y su perro. Se convierte en una callejera que crece para sufrir agresiones sexuales y burlas sociales a manos de otros esclavos.
Cuando Cora es una adolescente, otro esclavo, Caesar, se acerca a Cora con un plan para escapar. Ella se niega, pensando que es una broma o una trampa. Los esclavos celebran el cumpleaños de Old Jockey y Cora intenta proteger a un niño llamado Chester de una paliza a manos de su amo, Terrance Randall. Tanto Cora como Chester son brutalmente azotados como castigo. Después de que Cora se recupera de sus heridas, decide escapar con César.
Una noche, Cora y Caesar se dispusieron a cruzar el pantano que rodea la plantación. Lovey, el amigo de Cora, sospecha que planean escapar e insiste en ir con ellos. Poco después, un grupo de cazadores de cerdos los encuentra en el bosque. En el altercado, Cora mata a uno de ellos, un adolescente, en defensa propia. Lovey es capturada y llevada de regreso a Randall, pero Cora y Caesar logran escapar a la casa de un abolicionista blanco llamado Sr. Fletcher, quien los envía en su primer viaje en el Ferrocarril Subterráneo.
Al llegar a Carolina del Sur, el agente de la estación, Sam, les da la bienvenida y les proporciona las coartadas de Bessie Carpenter y Christian Markson. Se enteran de que el gobierno de Carolina del Sur ha comenzado a comprar esclavos y a crearles trabajos por un salario, habitaciones en dormitorios y atención médica, lo que esencialmente les permite vivir como personas libres. Bajo este esquema, Cora aprende a leer y escribir mientras trabaja primero como niñera para una familia llamada los Anderson y luego como modelo viviente en una exhibición sobre historia estadounidense en un museo financiado por el gobierno. César disfruta de su trabajo en una fábrica. Los dos asisten a bailes sociales y comienzan a instalarse, posponiendo la siguiente etapa de su viaje mientras se adaptan a la libertad. Sin embargo, Sam escucha la siniestra verdad de Carolina del Sur y la comparte con la pareja: el programa del gobierno incluye la esterilización forzada de mujeres negras y un estudio de sífilis de hombres negros sin su consentimiento. Antes de que Sam, Cora y Caesar puedan decidir qué hacer con esta noticia, Ridgeway, un temido cazador de esclavos, los encuentra en Carolina del Sur. César es capturado y linchado por una turba. La casa de Sam se quemó hasta los cimientos. Cora, sin embargo, escapa al Ferrocarril Subterráneo una vez más.
La novela interrumpe la saga de la fuga de Cora para presentar a Arnold Ridgeway, un temido cazador de esclavos. Ridgeway se ha ganado la reputación de ser el cazador de esclavos más eficaz del sur, y a menudo viaja a los estados del extremo norte para recuperar esclavos fugitivos. Fue contratado por el mayor Randall para encontrar a Mabel cuando ella se escapó hace años, pero fracasó. Cuando Terrance Randall lo alista para encontrar a Cora, y él se entera de que ella es la hija de Mabel, se obsesiona con encontrarla y erradicar el Ferrocarril Subterráneo del Sur.
En el próximo capítulo, Cora viaja en el ferrocarril subterráneo a Carolina del Norte. Allí, se esconde en el ático de una pareja blanca llamada Martin y Ethel. Carolina del Norte ha establecido recientemente una sociedad genocida. En reacción a las rebeliones de esclavos, la población blanca vendió a todos sus esclavos a otros estados del sur y está en proceso de linchar a los últimos negros que encuentran dentro de las fronteras estatales. Cora observa estos linchamientos en el parque al otro lado de la calle desde la ventana de su ático. Cora se enferma después de meses de esconderse en el ático. Mientras Ethel la cuida hasta que recupera la salud, los cazadores de esclavos asaltan la casa. Los habitantes linchan a Martin y Ethel y Ridgeway recuperan Cora.
Un breve capítulo cuenta la historia de la vida de Ethel. Creció queriendo salvar a los «salvajes» en África como misionera, pero en cambio se convirtió en maestra de escuela. El texto alude a la identidad lesbiana reprimida de Ethel a lo largo de su vida, pero Ethel se casa con Martin y tienen una hija. Se mudan de Virginia a Carolina del Norte, de donde es Martin, cuando muere su padre. Martin hereda la causa abolicionista de su padre y se involucra con el Ferrocarril Subterráneo. Ethel es una espectadora nerviosa y reacia hasta que tiene la oportunidad de jugar al misionero cuando Cora se enferma.
El próximo capítulo vuelve a la difícil situación de Cora. Ridgeway y sus ayudantes, Bozeman y Homer, viajan con Cora y otro fugitivo, Jasper, a través de Tennessee. Ridgeway dispara y mata a Jasper a sangre fría para evitar que cante himnos. Tennessee es un paisaje árido y devastado por el fuego, y los pocos asentamientos blancos con los que se encuentran están en cuarentena con fiebre amarilla. Su viaje se interrumpe cuando un grupo de agentes negros libres del ferrocarril subterráneo rescatan a Cora de Ridgeway.
Cora y los agentes del ferrocarril subterráneo, incluido uno llamado Royal, viajan en el ferrocarril a una granja en Indiana propiedad de John Valentine, un hombre negro libre. La granja es el hogar de numerosos negros liberados y fugitivos. Todos trabajan por igual y viven en comunidad. Cora comparte una cabaña con Sybil y su hija Molly, con quien se hace amiga. También se embarca en una tentativa relación romántica con Royal. Existe un desacuerdo en la granja sobre la mejor manera de avanzar en el progreso negro: de forma gradual o inclusiva. Mientras tanto, los colonos blancos vecinos de la granja Valentine se enfurecen con la comunidad negra libre. Forman una turba y saquean la granja, matando a muchos miembros de la comunidad, incluido Royal. Ridgeway regresa con ellos y recupera a Cora.
En un interludio antes del último capítulo de la novela, los lectores finalmente conocen el destino de Mabel, la madre de Cora. Cora está resentida con su madre por dejarla en la plantación y escapar a la libertad. Resulta que Mabel no llegó más allá del pantano que rodeaba a Randall antes de volverse para reunirse con su hija. Sin embargo, una serpiente boca de algodón venenosa la mordió en los juncos y murió en el pantano.
En el capítulo final, Ridgeway obliga a Cora a mostrarle la estación del ferrocarril subterráneo cerca de la granja de Valentine saqueada en Indiana. Afligida por la pérdida de Royal y su comunidad, Cora lleva a Ridgeway y Homer a la estación. A punto de descender a la estación, Cora embosca a Ridgeway y lo empuja por las escaleras del sótano. Dejándolo herido de muerte en el andén, sube al vagón del tren por última vez en la novela. Esta vez ella misma empuja la palanca. Unos días después, Cora emerge del Ferrocarril. Se encuentra con una caravana de carros de viaje. Ella ignora a los transeúntes blancos, pero es recibida por un hombre negro llamado Ollie en un vagón. Él le ofrece un viaje en dirección a St. Louis y luego a California. Cora acepta y se une a la caravana.
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